Quando um cliente possuir um loja na plataforma loja integrada basta ele nos fornecer o apontamento cname para que a loja possa funcionar.

Quando um erro de timeout ocorrer verifique se é possível aumentar o timeout do servidor e solicite que o cliente realize a pausa da cdn para realizar o procedimento que causou o erro em questão.
Para pausá-la acesse em seu painel de controle: Site >> CDN Cloudflare >> Gerenciar >> Modo DEV ativo >> Atualizar cache.

Para mudar a pasta de uma instalação para a raiz, basta mover os arquivos através do FTP e depois modificar a alteração do caminho do site no banco de dados.

O erro de direcionamento apontado no webmastertools pode ocorrer devido ao cadastro incorreto do site na ferramenta. O site deve ser cadastrado incluindo o www.